Ernst Lossa (Ivo Pietzcker) wird Anfang Mai 1944 in die Nervenheilanstalt Heiligenbrück eingeliefert. Der 13-Jährige gehört zu den Jenischen, einer heterogenen Bevölkerungsgruppe in West- und Mitteleuropa, die durch Mittellosigkeit und Dauermigration gekennzeichnet ist. Seine Mutter starb vor längerer Zeit, und der vagabundierende Vater (Karl Markovics) ist nicht in der Lage, sich um Ernst zu kümmern. Weil der Junge als rebellisch gilt, stuften ihn Erziehungsheime als „unerziehbar“ ein und schoben ihn in die von Dr. Walter Veithausen (Sebastian Koch) geleitete psychiatrische Einrichtung ab. Beim Aufnahmegespräch gewinnt der Mediziner den Eindruck, einen kräftigen, gut als Erntehelfer einsetzbaren Jungen vor sich zu haben. Als er die Striemen auf Ernsts Rücken sieht, versichert er dem Jungen, dass in seiner Einrichtung niemand geschlagen werde.

Zunächst ist Ernst entsetzt, als er erkennt, dass er in einer Irrenanstalt eingesperrt ist, aber allmählich gewöhnt er sich an das neue Umfeld, hilft auf dem Feld und geht dem gutherzigen Hausmeister Max Witt (Branko Samarovski) willig zur Hand.

Er freundet sich mit Hermann Klein (Juls Serger) an, aber der wird nach kurzer Zeit von seinen Eltern abgeholt. Ernst träumt davon, mit seinem Vater nach Amerika auszuwandern und am Michigan See zu wohnen. Christian Loss kommt tatsächlich nach Heiligenbrück, um ihn aus der Heil- und Pflegeanstalt zu holen. Er war selbst im Konzentrationslager und musste nach seiner Freilassung erst nach seinem Sohn suchen. Weil er jedoch keinen festen Wohnsitz nach- und keine Meldebestätigung vorweisen kann, verweigert ihm Dr. Veithausen die Mitnahme des Jungen und beruft sich auf die gesetzlichen Bestimmungen.

In regelmäßigen Abständen werden von einer Zentrale in Berlin bestimmte Personen aus Heil- und Pflegeanstalten in Tötungsanstalten gebracht. Die Busse aus Heiligenbrück fahren nach Hadamar bei Limburg. Eines Tages ruft Dr. Veithausen den Assistenten Paul Hechtle (Thomas Schubert) und die katholische Oberschwester Sophia (Fritzi Haberlandt) in sein Büro. Nachdem er erklärt hat, dass die Zentraldienststelle T4 in Berlin das Euthanasie-Programm mit sofortiger Wirkung beendet habe, schickt er Sophia hinaus und weiht Paul Hechtle in die neuen Bestimmungen ein: Die Heil- und Pflegeanstalten sind nun selbst für die Auswahl der Patienten und deren Tötung verantwortlich. Unterstützung erhält Dr. Veithausen durch die Krankenschwester Edith Kiefer (Henriette Confurius) aus Hadamar. Sie gibt den von ihm ausgewählten Kindern Himbeersaft mit einer tödlichen Menge Barbiturat zu trinken. Auf die Totenscheine schreibt Dr. Veithausen „Bronchopneumonie“.

Schwester Sophia durchschaut bald die Rolle der neuen Kollegin. Als sie bei Dr. Veithausen gegen das Morden protestiert, gibt dieser alles zu und fragt sie rhetorisch, warum sie nicht schon gegen die Transporte nach Hadamar protestiert habe. Sophia wendet sich auch ihren Bischof (Christian Redl), aber der speist sie mit hohlen Phrasen ab.

Ernst ist ein guter Beobachter, und ihm entgeht ebenso wenig wie Sophia, was die aus Hadamar angereiste Krankenschwester tut. Edith Kiefer erzählt ihm, sie habe als Kind ein Reh mit gebrochenen Hinterläufen gefunden und es mit nach Hause nehmen wollen. Aber stattdessen habe ihr Vater das totgeweihte Tier an Ort und Stelle „erlöst“.

Als sie der kleinen Amelie (Carla Karsten) einen Becher mit vergiftetem Himbeersaft bringt, stößt Ernst ihn um und verschüttet den Inhalt auf dem Boden. Während Edith Kiefer einen neuen Becher holt, versteckt Sophia das bedrohte Mädchen mit Ernsts Hilfe in ihrer Kammer.

Der aufgeweckte Junge freundet sich mit dem epilepsiekranken Waisenmädchen Nandl (Jule Hermann) an. Weil er einen Kellerschlüssel gestohlen hat, kann er mit Nandl aus einem Kellerschacht ins Freie klettern. Er verspricht ihr, sie mit nach Amerika zu nehmen.

Dr. Walter Veithausen reist mit anderen Leitern von Nervenheilanstalten zu einer Konferenz nach Berlin, wo ihnen ein SS-Offizier (Patrick Heyn) erklärt, dass das untere Drittel der Bevölkerung ausgerottet werden müsse. Nur so könne der „Volkskörper“ gesunden. Es müsse mehr gestorben werden, meint er zynisch. Aber die im Euthanasie-Programm eingesetzten Barbiturate und Opiate seien zu teuer. Stolz präsentiert Veithausen eine von ihm entwickelte Gemüsesuppe, der alle Nährstoffe entzogen wurden („E-Kost“). Personen, die ausschließlich damit ernährt werden, verhungern, obwohl sie dreimal am Tag essen.

Als der Geisteskranke Oja (David Bennent) laut schreiend um die tote Teresa trauert, lässt Dr. Veithausen ihn mit einer Giftinjektion ermorden.

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Ernst will mit Nandl fliehen. Bei einem Fliegeralarm bleibt er mit ihr im Speisesaal zurück, während alle anderen zum Luftschutzbunker rennen. Das Chaos ausnutzend, gelangen die beiden dann unbemerkt ins Kellergewölbe. Dort stoßen sie auf Sophia und Amelie. Die Krankenschwester hält Ernst und Nandl nicht zurück, im Gegenteil, sie ermutigt die Kinder zur Flucht. Aber in dem Augenblick, in dem diese durch den Kellerschacht ins Freie klettern wollen, wird das Gebäude von einer Bombe getroffen. Sophia und Amelie überleben die Detonation nicht; Nandl wird schwer verletzt.

Nach der Trauerfeier für Sophia beschimpft Ernst den Anstaltsleiter als Lügner und Mörder.

Nandl wird zwei Wochen lang im Bett bleiben müssen und drängt deshalb Ernst, ohne sie zu fliehen.

Aber es ist zu spät: Dr. Veithausen setzt den 13-Jährigen hasserfüllt auf die Liste der in dieser Nacht zu tötenden Kinder. Weil Paul Hechtle Skrupel hat, einen gesunden Jungen mit einer Giftspritze zu ermorden, schickt der Chef Edith Kiefer mit.

Am nächsten Morgen ahnt Nandl, dass ihr Freund tot ist, und der Hausmeister bestätigt es. Daraufhin klettert sie aus dem Bett, schleppt sich mit Krücken in den Speisesaal, wo gerade gefrühstückt wird, und verkündet, sie habe einen Brief von Ernst aus den USA erhalten. Er habe es geschafft.