Der fünfundvierzigjährige Anwalt Michael Clayton (George Clooney) ist einer der sechshundert in der New Yorker Kanzlei Kenner, Bach & Ledeen beschäftigten Juristen. Er gehört dort zu den „Ausputzern“: Sein Chef Marty Bach (Sydney Pollack) betraut ihn nicht mit langwierigen Fällen, sondern schickt ihn immer dann los, wenn es gilt, einen der wichtigen Mandanten aus einer misslichen Lage zu befreien. Dabei darf Clayton in der Wahl der Mittel nicht wählerisch sein.

Privat befindet sich der geschiedene Anwalt selbst in einer schwierigen Situation, denn er hat zwar seine Spielsucht erfolgreich bekämpft, ließ sich aber von seinem drogensüchtigen Bruder Tim (David Lansbury) dazu überreden, eine Bar zu finanzieren, die nach kurzer Zeit in Konkurs ging. Nun weiß Clayton nicht, wie er seine 75 000 Dollar Schulden begleichen soll. Er bittet Marty Bach um Hilfe, aber der hält ihn hin.

Claytons Kollege Arthur Edens (Tom Wilkinson) arbeitet seit sechs Jahren daran, eine gegen den Chemiekonzern U/North gerichtete Sammelklage abzuwehren, bei der es um 3 Milliarden Dollar geht. Nachdem Edens sich während einer Verhandlung in Milwaukee, Wisconsin, vor laufender Kamera splitternackt ausgezogen hat, wird Michael Clayton von Marty Bach hingeschickt, um Edens aus dem Gefängnis zu holen und den Schaden zu begrenzen.

Karen Crowder (Tilda Swinton), die Chefjuristin von U/North, ist wegen Edens Ausfall alarmiert und misstraut dem ihr unbekannten Anwalt Michael Clayton.

Der nimmt zunächst an, dass Edens den Tod seiner Frau nicht verkraftete und deshalb einen Nervenzusammenbruch hatte. Aber es gibt immer mehr Indiziendafür, dass Edens die Seiten gewechselt hat. So erfährt Clayton beispielsweise von Bach, dass der Anwalt mit der jungen Klägerin Anna Kaiserson (Merritt Wever) telefonierte. Als Clayton seinen Kollegen darauf anspricht, begreift dieser, dass er abgehört wird. Deshalb greift er zum Telefon und liest einige Absätze aus einem streng geheimen, vom U/North-Vorstandsvorsitzenden Don Jeffries (Ken Howard) unterschriebenen Bericht vor. Dabei geht es um eine interne Studie über die karzinogene Wirkung eines von U/North an Farmer verkauften Herbizids. Sie bestätigt die Anschuldigungen der Kläger.

Als Karen Crowder erfährt, dass Arthur Edens offenbar im Besitz des Berichtes ist, lässt sie ihn ermorden. Mr Verne (Robert Prescott) und Mr Iker (Terry Serpico), die ihn schon seit dem Zwischenfall in Milwaukee observiert haben, betäuben ihn mit einem Elektro-Schocker, zerren ihn in sein Apartment, injizieren ihm eine Überdosis eines Medikaments und warten, bis er tot ist. Dann verstreuen sie Tabletten und lassen die Badewanne überlaufen. Als die Wohnung wegen des ins Stockwerk darunter durchsickernden Wassers von der Polizei aufgebrochen wird, findet man die Leiche. Die Ermittler gehen von einem Selbstmord aus.

Clayton bezweifelt, dass Edens sich das Leben nahm. Er wählt Anna Kaisersons Telefonnummer. Deren Schwester (Heidi Armbruster) hebt ab, und als sie erfährt, dass der Anrufer von der Kanzlei Kenner, Bach & Ledeen ist, beschwert sie sich aufgebracht darüber, dass Edens Anna nach New York fliegen ließ, aber die Verabredung mit ihr nicht einhielt. Clayton erkundigt sich, in welchem Hotel Anna übernachtet und sucht sie dort auf. Das Mädchen sagt ihm, Edens habe ihr ein Ticket für den Flug nach New York bezahlt, weil er mit ihr über die Anschuldigungen gegen U/North reden wollte. Sie versichert Clayton, dass niemand anderes davon gewusst habe.

Dass ihr Telefon abgehört wurde, ahnt sie nicht. Inzwischen observieren Verne und Iker auch Clayton. Und sie halten Karen Crowder weiterhin auf dem Laufenden.

Michael Clayton überredet Detective Gene Clayton (Sean Cullen), seinen anderen Bruder, ihm ein Dienstsiegel zu geben. Dann zerreißt er das Siegel, mit dem Edens‘ Wohnungstüre gesichert ist, bricht ein und durchsucht die Räume. Verne und Iker sahen ihn ins Haus gehen. Als in der Wohnung des Ermordeten Licht angeht, alarmieren sie die Polizei. Kurz darauf wird Clayton von einem Streifenpolizisten (Gregory Dann) und dessen Kollegin (Cathy Diane Tomlin) auf frischer Tat ertappt und festgenommen. Lange bleibt er allerdings nicht in Haft, denn Gene Clayton setzt sich für seine Freilassung ein.

Vor seiner Verhaftung steckte Michael Clayton einen in Edens‘ Apartment gefundenen Druckauftrag ein. Als er damit zu der entsprechenden Druckerei geht, stellt sich heraus, dass Edens den von Don Jeffries abgezeichneten Geheimbericht tausendfach kopieren ließ. Die Stapel liegen zur Abholung bereit. Clayton nimmt erst einmal nur eines der Exemplare mit.

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Unvermittelt übergibt ihm Marty Bach in der Kanzlei 80 000 Dollar in bar. Barry Grissom (Michael O’Keefe), einer der Partner, verlangt als Gegenleistung Claytons Unterschrift unter einer Geheimhaltungsklausel, aber Bach winkt ab. Statt seinen Chef mit dem Geheimbericht zu konfrontieren, nimmt Clayton das Geld und begleicht damit seine Schulden.

Die Erkenntnis, dass er sich kaufen ließ, belastet Clayton. Er bricht seinen Vorsatz, nie mehr zu spielen. Nach zehn Monaten nimmt er erstmals wieder an einem Pokerspiel teil.

Aber nach wenigen Runden besinnt er sich und geht. Während er sich seinem geparkten Auto nähert, baut Iker eine Bombe und einen Peilsender ein. Verne warnt ihn über Funk. Clayton wird jedoch auf dem Gehsteig durch einen Anruf von Marty Bach aufgehalten: Mr Greer (Denis O’Hare), einer der wichtigen Klienten der Kanzlei, meldete sich soeben und gestand, dass er einen Fußgänger überfahren und Fahrerflucht begangen habe. Bach schickt Clayton zu Greer nach Westchester. Der Anwalt soll den Gesetzesbrecher vor weiteren unüberlegten Schritten abhalten und ihm einen auf Verkehrsdelikte spezialisierten Rechtsbeistand besorgen. Durch das Telefongespräch abgelenkt, nimmt Clayton nicht wahr, wie Iker in einiger Entfernung aus seinem Auto steigt.

Nach einem frustrierenden Gespräch mit Greer, der auch ungesetzliche Möglichkeiten nutzen will, um einer Verurteilung zu entgehen, fährt Clayton zurück nach New York City.

Inzwischen gibt es für ihn keinen Zweifel mehr daran, dass Marty Bach heimlich mit Karen Crowder zusammenarbeitet und dabei über Leichen geht.

Der Anblick von drei Pferden auf einer Anhöhe fasziniert ihn so, dass er anhält, aussteigt und langsam zu den Tieren geht.

Verne und Iker können sein Auto nicht genau lokalisieren, weil die Verbindung mit dem hastig eingebauten Peilsender nicht richtig funktioniert. Schließlich verlieren sie die Geduld und zünden die Bombe. Ganz in der Nähe sehen und hören sie die Detonation. Die Pferde fliehen erschrocken. Michael Clayton dreht sich nach dem Knall um und sieht seinen Wagen in Flammen stehen. Er läuft in den nahen Wald.

Einige Tage später referiert Karen Crowder vor dem Vorstand ihres Unternehmens über den Stand der Dinge. Sie meint, die Kläger seien inzwischen so zermürbt, dass sie ein für sie ungünstiges Vergleichsangebot annehmen würden. Als sie den Konferenzraum verlässt, stößt sie auf Michael Clayton, von dem sie annahm, dass er bei der Explosion seines Wagens umkam. Erschrocken prallt sie zurück.

Clayton hat ein Exemplar des Geheimberichts dabei. Für sein Schweigen verlangt er von U/North 10 Millionen Dollar. Während Don Jeffries von der Tür des Konferenzraums aus nach Karen Crowder ruft, versichert diese Clayton, er werde das Geld bekommen, aber er stellt klar, dass er nicht daran interessiert ist und die Forderung nur stellte, um sie zu überführen. In diesem Augenblick zeigt sich Detective Gene Clayton, der das Gespräch über eine Funkverbindung mit anhörte und aufzeichnete. Er gibt seinen Männern ein Zeichen. Sie verhaften Karen Crowder und Don Jeffries.