Als die Portugiesen Afrika umschifften, eroberten sie 1505 u. a. Mombasa. 1837 unterwarf der Sultan von Oman (später: Sansibar) die Küstenregion von Mombasa als Stützpunkt für die Sklavenjagd. Einige Jahre später drangen die deutschen Missionare und Afrikaforscher Johannes Rebmann (1820 – 1876) und Johann Ludwig Krapf (1810 – 1881) im Auftrag der Anglican Missionary Society von Mombasa aus ins Landesinnere vor und entdeckten den Kilimandscharo und den Mount Kenia.

Das seit 1885 bestehende deutsche Protektorat über das Sultanat Witu fiel 1890 im Rahmen des Helgoland-Sansibar-Vertrags an Großbritannien. Bereits 1887 hatte die British East Africa Company den Sultan von Sansibar zur Abtretung seiner Gebiete an der afrikanischen Ostküste gezwungen. 1895 wurde daraus ein Teil des British East African Protectorate (Britisch-Ostafrika). Nairobi entstand 1899 als Eisenbahncamp an der seit 1895 gebauten Ugandabahn von Mombasa zum Victoriasee und löste 1905 Mombasa als Hauptstadt von Britisch-Ostafrika ab. 1920 wurde Britisch-Ostafrika offiziell zur britischen Kronkolonie Kenia erklärt.

Nach dem Ersten Weltkrieg erhielten britische Veteranen in dem seit 1904 für die Besiedelung durch Weiße frei gegebenen Hochland von Kenia Areale zugeteilt. Um sich gegen den Landraub wehren zu können, gründete der Afrikaner Harry Thuku 1919 eine erste politische Organisation: die East African Association, die jedoch von den Kolonialherren gleich wieder verboten wurde. Jomo Kenyatta (eigentlich: Johnstone Kama Ngengi, 1891 – 1978), der Sohn eines Kikuyu-Bauern, übernahm 1928 die Präsidentschaft der sieben Jahre zuvor ins Leben gerufenen Interessenvereinigung Young Kikuyu Association und 1931 die der 1928 entstandenen Kenya African Union (KAU).

Im Oktober 1952 rief der Gouverneur von Kenia, Sir Evelyn Baring, wegen eines Kikuyu-Aufstandes („Mau-Mau-Verschwörung“) den Ausnahmezustand aus. Bis zur Niederschlagung der Erhebung und der Aufhebung des Ausnahmezustandes im Dezember 1959 sollen etwa 14 000 Afrikaner, aber nur 95 Weiße getötet worden sein.

Als angeblicher Rädelsführer des „Mau-Mau-Aufstands“ wurde Jomo Kenyatta – der 1946 vom Studium in Moskau und London zurückgekehrt war – von 1953 bis 1960 eingesperrt. Nach seiner Freilassung gründete er die Kenya African National Union (KANU), die bei den Wahlen drei Jahre später eine überwältigende Mehrheit gewann. Jomo Kenyatta übernahm daraufhin das Amt des Premierministers. Am 12. Dezember 1963 erhielt Kenia die volle Unabhängigkeit, verblieb jedoch –

zunächst als Monarchie, ab Dezember 1964 als Republik mit Jomo Kenyatta als Staatspräsidenten – im British Commonwealth.

Nach dem Tod Jomo Kenyattas am 22. August 1978 wurde Daniel arap Moi (*1924) Staatspräsident von Kenia. Aufgrund des Wahlsiegs des oppositionellen Parteienbündnisses „National Rainbow Coalition“ (NARC) musste er sein Amt 2002 Mwai Kibaki übergeben.