Im Kopenhagener Hafenviertel stürzt der sechsjährige Junge Jesaja (Clipper Miano) vom Dach und stirbt. Die Behörden halten es für einen Unfall, aber die junge arbeitslose Naturwissenschaftlerin Smilla Q. Jaspersen (Julia Ormond) – die wie Jesaja aus Grönland stammt und im gleichen Haus wohnt – vermutet aufgrund der Spuren Jesajas im Schnee auf dem Dach einen Mord. Schon wegen seiner Höhenangst wäre er nie aufs Dach gestiegen, es sei denn, er fürchtete sich vor jemand.

Auf eigene Faust beginnt Smilla Nachforschungen anzustellen. Jesajas Vater starb 1991 bei einer Grönlandexpedition. (Und seine Mutter begann dem Alkohol zu verfallen.) Bei dieser und einer 25 Jahre zuvor durchgeführten Expedition muss etwas geschehen sein, das die verantwortliche Forschungsgesellschaft seither zu vertuschen sucht.

Ein Wissenschaftler, den Smilla bittet, die unverständlichen Dialoge auf einer von Jesaja versteckten Tonkassette hörbar zu machen, verbrennt auf seinem Hausboot. Welche Rolle spielt der legasthenische Mechaniker (Gabriel Byrne), der mit Smilla im gleichen Haus wohnt, Jesaja natürlich auch kannte und sehr viel Interesse daran zeigt, was Smilla herausfindet?

Durch Bekannte lässt sie sich an Bord eines Schiffes schmuggeln, mit dem der zynische Wissenschaftler Tork (Richard Harris) von der Forschungsgesellschaft zum dritten Mal nach Grönland aufbricht. Selbst Kapitän Lukas (Mario Adorf) erfährt erst nach und nach, wohin er das Schiff zu steuern hat. (Jürgen Vogel spielt seinen süchtigen Sohn Jakkelsen.) Während der Reise und am Zielort findet Smilla heraus, wie der Tod Jesajas mit dem seines Vaters zusammenhängt und gerät dadurch selbst in Lebensgefahr.

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