Die Handlung ist in das Jahr 1797 verlegt, spielt sich also nach der französischen Revolution zur Zeit Napoleons ab. Auch in der britischen Marine zeigte sich der damalige aufrührerische Geist – so ist die Verschwörung zu Spithead (im April) und ein noch bedrohlicherer Aufruhr bei Nore (im Mai) ebenso in die Geschichtsbücher eingegangen wie die sogenannte Große Meuterei (im Sommer 1797). Um vor weiteren Aufständen abzuschrecken, wurden die Rädelsführer gehenkt und als warnendes Exempel für die vor Anker liegende Flotte am Galgen hängen gelassen. Diesen historische Hintergrund sollte man im Auge haben, um das Geschehen auf dem englischen Kriegsschiff Indomitable zu verstehen.

Zu der Zeit war es üblich, Matrosen nicht auf dem offiziellen Weg anzuheuern, sondern sie von anderen Schiffen „abzupressen“; man wusste daher auch nichts über die persönliche beziehungsweise berufliche Vergangenheit des Angeworbenen.

So schwatzt Leutnant Ratcliffe von der Indomitable dem Kapitän des Handelschiffes Rights-of-Man einen Matrosen unter dem Vorwand ab, dass er damit Seiner Majestät seine Großherzigkeit und Loyalität beweise.

Der Rekrutierte ist Billy Budd oder Baby Budd, wie sie ihn später alle nennen. Billy entspricht der von Kameraden gebrauchten Redewendung des „hübschen Matrosen“, darunter ist ein „prachtvoller Körper, ein ebensolches Temperament … Kraft und Geschmeidigkeit“ zu verstehen. Bei Billy kommt ein offenes, ehrliches Wesen hinzu. Er ist einundzwanzig Jahre alt; durch sein hübsches, beinahe mädchenhaftes Gesicht und seine aufgeschlossene Art erwirbt er sich allseits Sympathien. Von seiner Veranlagung her ist er vertrauensselig und naiv. Er ist blauäugig (was sich allerdings nicht nur auf seine Augenfarbe bezieht) und das „vollkommenste Muster eines reinen Angelsachsen“ (Seite 15). Eine kleine Unvollkommenheit ist ihm allerdings eigen: Wenn er in Verlegenheit gerät oder sich aufregt, beginnt er zu stottern. Billy Budd wird als Vortoppmann eingesetzt und von der Segelmannschaft sogleich gut aufgenommen.

Der Ehrenwerte Kapitän Edward Fairfax Vere, der die mit vierundsiebzig Kanonen ausgestattete Indomitable befehligt, ist ein Junggeselle in den Vierzigern und hat sich in verschiedensten Gefechten als furchtlos, aber nicht tollkühn bewährt. Er ist immer um das Wohlbefinden seiner Leute besorgt, verlangt aber absolute Disziplin von seiner Mannschaft. Obwohl er stets pragmatisch handelt, hat er eine Neigung für geistige Dinge. So sticht er nie ohne eine neu bestückte Bibliothek in See. Von einigen seiner Offizieren wird er wegen seiner intellektuellen Interessen und pedantischen Ader etwas belächelt.

Einer der Unteroffiziere ist John Claggart. Der etwa fünfundfünfzig Jahre alte Waffenmeister ist angeblich von adliger Abstammung, da er aber nie etwas aus seinem Leben preisgibt, weiß man das nicht genau. Seine Intelligenz und die einschmeichelnde Höflichkeit gegenüber Vorgesetzten sowie seine Neigung zu spionieren machen ihn bei den Matrosen unbeliebt.

Unter den Freiwilligen sind Männer, die sich nicht wegen ihrer patriotischen Anschauung oder der Lust am Seeleben gemeldet haben, sondern weil sie an Bord eines königlichen Schiffes sicher vor Nachstellungen der Justiz wegen kleinerer oder größerer Gaunereien sind. Wenn ein Kriegsschiff knapp an Leuten ist, wird die fehlende Mannschaft direkt aus den Gefängnissen rekrutiert.

Billy Budd verrichtet seine Arbeit als Vortoppmann gerne. Er ist immer zur Stelle und gibt nie Anlass zur Unzufriedenheit. Von den Leuten im Vormast wird er wegen seiner teilweise übereifrigen Pflichterfüllung sogar manchmal spöttisch belächelt. Da er sich nie eine Nachlässigkeit zuschulden kommen ließ, wundert er sich umsomehr, als er von einem der Schiffskorporale gerügt wird, weil sein Gepäcksack angeblich nicht richtig verstaut und mit der Hängematte etwas nicht in Ordnung ist. Dieser Tadel trifft den gewissenhaften Billy sehr, und er vertraut sich einem alten Dänen an, mit dem er sich vor einiger Zeit anfreundete. Der Veteran, der wegen seines zerfurchten Gesichts „der Narbige“ genannt wird, meint zu wissen, wem er den Rüffel zu verdanken hat. Jimmy Legs hat es auf dich abgesehen, sagt er. Damit ist Claggart gemeint. Das könne gar nicht sein, verteidigt Billy den Waffenmeister; immer wenn er ihn treffe, sage er ihm doch etwas Nettes. „Weil er’s auf dich abgesehen hat, Baby Budd!“. Davon lässt sich der Alte nicht abbringen.

Am nächsten Tag sieht sich Billy darin bestätigt, dass der Narbige mit seiner Vermutung falsch liegt. Billy sitzt mit Kameraden beim Essen in der Messe und verschüttet versehentlich seine Suppe, die genau in dem Moment über den Boden rinnt, als Claggart eintritt. Dieser scheint sich vorerst nicht darum zu kümmern, als er aber dann den Verursacher des Maleurs ausmacht, sagt er: „Hübsche Bescherung, mein Junge! ‚Hübsche Geschicht‘, hübsches Gesicht!'“ Alle fassen die Bemerkung des Waffenmeisters als Scherz auf, und Billy fühlt sich in seiner Anschauung bestätigt, dass Jimmy Legs nichts gegen ihn hat.

Was veranlasst John Claggart zu diesem scheinheiligen Verhalten? Der Erzähler der Novelle bietet dafür folgende Erklärung an:

… zwischen ihm und einem normalen Menschen liegt ‚jener tödliche Raum‘, den man am besten durch mittelbare Umschreibungen durchquert.
In einer Liste von Begriffsbestimmungen, die sich in der authentischen Übersetzung Platos findet, trifft man auf folgendes: „Natürliche Verdorbenheit – eine Verdorbenheit, die aus der Natur entspringt“. Diese Bestimmung denkt trotz ihres calvinistischen Beigeschmacks nicht daran, Calvins Prädestinationsdogma auf alle Menschen auszudehnen; sie hat offenbar nur einzelne Individuen im Auge. (Seite 36)

Als etwas profanere Auslegung der Arglist Claggarts zieht der Berichterstatter Neid und Eifersucht in Betracht. Der junge blonde Mann, der sich unbewusst seiner Gesundheit und seines Lebens erfreut, ist wegen seiner Einfalt zu keiner Bosheit fähig. Der „hübsche Matrose“ hat all das, was dem vergrämten Offizier abgeht.

Im übrigen ist es nicht so, dass Claggart das Maleur in der Mensa so locker hinnahm, er ist vielmehr davon überzeugt, dass Billy mit Absicht die Suppe vor seinen Füßen ausgoss. Um dahinterzukommen, ob er dem Jungen noch andere Hinterhältigkeiten nachweisen kann, benötigt er mehr Information. Als Zuträger findet er einen Korporal, der ihm darüber berichtet, was über Billy getuschelt wird.

Das nächste beunruhigende Geschehnis widerfährt Billy als er wegen der Hitze eines Nachts an Deck schläft. Er wird von einem ihm Unbekannten geweckt und aufgefordert, ihm schleunigst nachzukommen: „Es ist was los!“ Eigentlich ist er zu schlaftrunken, aber in seiner Gutmütigkeit folgt er ihm. Der Fremde, den er später als Mann vom Achterdeck zu erkennen glaubt, flüstert Billy zu, er sei doch auch gepresst worden, wie er selbst auch.

„Wir sind nicht die einzigen, Billy. Eine ganze Bande ist da. Könntest du nicht – mithelfen … wenn’s mal nötig wäre?“ (Seite 42)

Billy versteht nicht recht, was der Mann von ihm will, auch nicht als dieser ihm zwei Goldstücke in die Hand drückt. Verdutzt und verärgert schickt ihn weg; wenn er nicht gehe, werde er ihn über die Reling werfen. Wegen der Aufregung kann er seine Androhung nur stotternd ausdrücken.

Ihm schwant, dass er in niederträchtiger Absicht behelligt wurde und ärgert sich, die Goldstücke angenommen zu haben. Langsam wird ihm klar, dass er den Vorfall hätte melden müssen, aber da er nicht sicher ist, welcher Matrose an ihn herantrat, behält er die Begebenheit für sich. Einzig dem schrulligen Dänen vertraut er sich an. Mit dessen sibellynischer Antwort, er habe es ihm doch schon immer gesagt, dass Jimmy Legs es auf ihn abgesehen habe, kann Billy nichts anfangen. Weiterhin kann er sich nicht vorstellen, dass der Waffenmeister ihm etwas Böses will, wo der doch stets ein freundliches Wort für ihn hat.

… ein junger Seefahrer von der Art unseres athletischen Vortoppmanns ist noch ein halbes Kind. Die völlige Unschuld eines Kindes nun ist reine Unwissenheit, die mit wachsendem Verstande mehr oder minder verschwindet. Bei Billy Budd aber hatte sich zwar der Verstand entwickelt, während seine Einfalt fast unverändert geblieben war. (Seite 46)

Als die Indomitable ein feindliches Schiff sichtet, nimmt das Kriegsschiff Verfolgung auf, aber die Fregatte setzt alle Segel und entkommt. Kurz danach stellt sich der Waffenmeister bei Kapitän Vere ein. Er habe während der Verfolgung und der Vorbereitung eines etwaigen Gefechts beobachtet, dass mindestens ein Matrose von „gefährlicher Gesinnung“ an Bord sei. Es dränge sich ihm die Vermutung auf, dass in seiner Mannschaft Leute seien, die sich an den kurz zurückliegenden schweren Meutereien beteiligt hätten und überdies noch weitere, „die auf andere Weise als durch reguläre Anmusterung in den Dienst seiner Majestät getreten seien“ (Seite 51). Der Kapitän ist entsetzt – gepresste Leute auf seinem Schiff! Dass es sich bei dem „gefährlichen Mann“ um Billy Budd handeln soll, der bei allen so beliebt ist, kann er nicht glauben. Mit allgemein gehaltenen Beschuldigungen könne er sich nicht zufrieden geben, lässt Vere den Offizier abblitzen, und was Budd betrifft, erwarte er handfeste Beweise. Claggart solle aufpassen, was er sage, denn „in einem solchen Fall hat der falsche Zeuge den Strick zu gewärtigen“ (Seite 55).

Dem Kapitän war der junge Seemann mit seinem umgänglichen Wesen und seinen ausgezeichneten seemännischen Fähigkeiten schon aufgefallen, und er zog in Erwägung, ihn zur Beförderung vorzuschlagen. Umso gründlicher will er dem Verdacht nachgehen.

Billy Budd wird herbeigerufen, und der Kapitän fordert Claggart auf, Billy seinen Verdacht vorzutragen. Dem jungen Matrosen weicht die Farbe aus dem Gesicht, und er ist nicht fähig, sich zu äußern. Er solle sich doch verteidigen, ermuntert ihn Kapitän Vere, der nichts von seiner gelegentlichen Sprachhemmung weiß. Billy ist so verstört, dass er nur ein stummes Würgen zustande bringt. Er solle sich nur Zeit lassen, beruhigt ihn der Kapitän. Diese Anteilnahme verwirrt den um Fassung und Worte ringenden Jungen noch mehr, dass er erlahmt zusammensinkt. Im nächsten Augenblick reißt er reflexartig einen Arm in die Höhe und trifft Claggart mit voller Wucht an der Stirn. Dieser fällt der Länge nach hin und rührt sich nicht mehr. Den Verletzten tragen sie in ein Nebenzimmer, und der gerufene Arzt stellt seinen Tod fest.

Der Kapitän lässt unverzüglich ein Kriegsgericht zusammenrufen. Er steckt in einer Zwickmühle, denn einerseits ist derjenige das Opfer, der versuchte, einen untadeligen Mann zu diskriminieren, wohingegen die Tat des Angreifers ein schändliches militärisches Vergehen ist. Vere hätte am liebsten weitere Maßnahmen zurückgestellt und Billy Budd in Haft genommen bis er nach der Rückkehr zum Geschwader die Sache dem Admiral übergeben könnte. Andererseits steht er im Hinblick auf die kürzlich niedergeschlagenen Meutereien in der Pflicht, schnell zu handeln.

Er war gewissenhaft in allen Fragen der Disziplin, aber kein Freund der Autorität um der bloßen Autorität willen. Nichts lag ihm ferner, als die Gefahren moralischer Verantwortung, wenn die Gelegenheit es erlauben sollte, eigenmächtig an sich zu reißen, solange es noch möglich war, sie offiziell einem höheren Vorgesetzten zu überlassen oder sie mit gleichgeordneten, ja selbst mit untergeordneten Offizieren zu teilen. (Seite 62)

Billy versucht sich zu verteidigen indem er anführt, dass er dem Waffenmeister nicht feindlich gesonnen war.

„Es tut mir leid, dass er tot ist. Ich wollte ihn nicht töten. Hätte ich reden können, so hätte ich nicht zugeschlagen. Aber er log mir gemein ins Gesicht vor meinem Kapitän, und ich musste etwas erwidern und konnte es nur durch einen Schlag tun. Gott helfe mir!“ (Seite 64)

Dann fragt man ihn, ob er irgendetwas von beginnenden Unruhen bei einem Teil der Besatzung beobachtet habe. Dass er nicht sogleich antwortet, wertet man als erneute Sprachhemmung. Von einem Komplott wisse er nichts, sagt er. (Allerdings fällt ihm die Episode mit dem Mann vom Achterdeck ein, die er nicht meldete.) Die Teilnehmer des Kriegsgerichts stellen mit Befremden fest, dass der Kapitän im Laufe der Vernehmung zunehmend Sympathien für den Angeklagten zu hegen scheint. Billy wird erlaubt, noch etwas in eigener Sache zu sagen. Aber er hat nichts hinzuzufügen.

Das Kriegsgericht zieht sich zur Beratung zurück: Man werde wohl kein Licht in die mysteriöse Sache bringen können und es sei abzuwägen zwischen Pflicht und Mitleid. Die Tat ist ein Kapitalverbrechen, und darauf steht die Todesstrafe. Aber können die Richter als mitfühlende Menschen ein Gottesgeschöpf zum Tod verurteilen? Ein Leutnant schlägt zwar eine Verurteilung vor, gibt aber zu überlegen, ob man die Strafe mildern könne. Unter den gegenwärtigen Umständen würde eine Strafmilderung allerdings einen nicht erwünschten Effekt bei der Mannschaft bewirken.

Sie würden glauben, wir wichen zurück und fürchteten uns vor ihnen, – fürchteten uns, die ganze Strenge des Gesetzes anzuwenden, zumal in dieser kritischen Lage, aus Angst vor neuen Unruhen. Welche Schande wären solche Überlegungen der Leute für uns, und welche tödliche Gefahr für die Disziplin! (Seite 70)

Billy Budd wird für schuldig erklärt. In den frühen Morgenstunden soll er an der großen Rahe erhängt werden. Kapitän Vere selbst teilt dem Deliquenten das Urteil mit. Erst jetzt wird der Mannschaft bekannt gemacht, dass der Waffenmeister tot ist und was mit Billy Budd geschehen wird.

Nicht dass Billy, wie Kinder, unfähig gewesen wäre zu begreifen, was Tod eigentlich bedeute. Aber er war ganz ohne jene tief wurzelnde Todesangst, die unter hochzivilisierten Menschen viel häufiger ist als unter sogenannten Barbaren, welche in jeder Hinsicht der unverdorbenen Natur näher stehen. Und Billy war im Grunde seines Wesens ein Barbar. (Seite 76)

Um vier Uhr morgens wird der Gefangene vom Pfarrer, dessen tröstenden Beistand er vorher ausschlug, unter die Rahe geführt. Billy Budd steht aufrecht und im letzten Augenblick ruft er „Gott segne Kapitän Vere!“