Isabel Allende wurde am 2. August 1942 in der peruanischen Hauptstadt Lima als erstes Kind des chilenischen Diplomaten Tomás Allende – eines Cousins des späteren chilenischen Staatspräsidenten Salvador Allende – und dessen Ehefrau Francisca Llona („Doña Panchita“) geboren. Nach der drei Jahre später erfolgten Trennung ihrer Eltern wuchs sie mit ihren Geschwistern Pancho und Juan bei ihrer Mutter in Santiago de Chile auf. Als Isabel Allende elf Jahre alt war, zog Francisca Llona mit ihrem neuen Lebensgefährten Ramón Huidobro und den Kindern nach La Paz. Weil Isabels Stiefvater chilenischer Diplomat war wie ihr richtiger Vater, lernte sie schon als Jugendliche die Welt kennen. Beispielsweise lebte die Familie von 1956 bis 1958 in Beirut.

Von ihrem achtzehnten Lebensjahr an arbeitete Isabel Allende als Journalistin und moderierte eine chilenische Fernsehsendung. 1962 vermählte sie sich mit dem Bauingenieur Michael Frías, und im Jahr darauf wurde sie von ihrer Tochter Paula entbunden. Ihr Sohn Nicolás folgte 1966.

Als Journalistin engagierte sich Isabel Allende für die Bekämpfung des Hungers in der Dritten Welt und die Durchsetzung von Frauenrechten. Beim chilenischen Fernsehen moderierte sie eine Reihe verschiedener Sendungen wie „Conversando con Isabel Allende“ (Gespräch mit Isabel Allende). Mit anderen Frauen zusammen gründete sie die bis dahin einzige feministische Zeitschrift Chiles, „Paula“, in der sie auch für die linke Volksfront-Regierung ihres Großcousins Salvador Allende (1908 – 1973) schrieb. Außerdem gab sie die Kinderzeitschrift „Mampato“ heraus und arbeitete an der Filmzeitschrift „Maga-Cine-Ellas“ mit.

Nach dem blutigen Militärputsch von General Augusto Pinochet (1915 – 2006) gegen die Regierung von Salvador Allende am 11. September 1973 ging Isabel Allende ins Exil (Caracas, 1975).

In den Siebzigerjahren wurden bereits Theaterstücke von Isabel Allende aufgeführt. Mit ihrem Debütroman – „Das Geisterhaus“ („La casa de los espíritus“) – gelang ihr 1982 ein internationaler Welterfolg als Schriftstellerin. Es folgten: „Von Liebe und Schatten“ (1984) und „Eva Luna“ (1987).

Nach der Scheidung von Michael Frías begegnete Isabel Allende 1987 während einer Lesereise dem amerikanischen Rechtsanwalt William Gordon, der ihr als „the last heterosexual bachelor in San Francisco“ (der letzte unverheiratete Heterosexuelle in San Francisco) vorgestellt wurde. Bald darauf zog sie zu ihm nach Kalifornien, und ein halbes Jahr später heirateten sie. 2003 erhielt Isabel Allende die Staatsbürgerschaft der USA.

Ihre Tochter Paula erkrankte 1991 an Porphyrie und starb im Jahr darauf.