Ein paar Meilen vor der Küste von Marseille rettet die Besatzung eines Fischerbootes einen bewusstlos im Wasser treibenden jungen Mann (Matt Damon). Einer der Fischer schneidet ihm zwei Kugeln aus dem Rücken und eine seltsame kleine Kapsel, die er unter der Haut an der Hüfte findet. Er spült die Blutreste mit Wasser ab, drückt daran herum, und plötzlich erscheint eine Projektion an der Wand: der Name einer Bank in Zürich und die Nummer eines Schließfaches.

Als der Gerettete erwacht, kann er zwar lesen, schreiben und mehrere Sprachen sprechen, aber er weiß weder seinen Namen noch was er bisher getan hat.

Nach zwei Wochen kehren die Fischer in den Hafen zurück. Sie stecken dem Mann ein bisschen Geld zu, damit er mit dem Zug nach Zürich fahren kann. Vielleicht gibt ihm das, was er dort findet, Aufschluss über seine Identität.

Als der Mann in Zürich eintrifft, haben die Banken bereits geschlossen. Weil sein Geld nicht für eine Übernachtung reicht, schläft er auf einer Anlagenbank, aber da scheuchen ihn zwei Schweizer Polizisten auf. Blitzschnell schlägt der Mann die beiden zu Boden und hat auch schon die Pistole des einen in der Hand. Überrascht von seinen außergewöhnlichen kämpferischen Fertigkeiten, entlädt er die Waffe, wirft sie auf den Boden und läuft weg.

Am nächsten Morgen fragt er in der Bank nach der Kontonummer. Mit einem elektronischen Abdruck seiner Hand und der Fingerspitzen weist er sich aus, ohne einen Namen angeben zu müssen. Hinter einem Vorhang wird ihm die entsprechende Kassette aus dem Tresor ausgehändigt. Darin findet er eine Pistole, bündelweise Banknoten und sechs Reisepässe verschiedener Staaten, die zwar alle sein Passfoto enthalten, aber auf unterschiedliche Namen ausgestellt sind. Er nimmt wahllos einen der Pässe heraus: Jason Bourne aus Paris. Dann packt er alles – bis auf die Pistole – in einen Beutel und verlässt die Bank.

Bourne merkt, dass er von Polizisten verfolgt wird. Er rettet sich in das amerikanische Konsulat. Dort stellen ihn amerikanische Sicherheitsbeamte, aber er schlägt sie nieder, flüchtet in die oberen Stockwerke auf einen Balkon und klettert an der Hausfassade nach unten. In einer Gasse stößt er auf Marie Kreutz (Franka Potente), die gerade mit ihrem roten Austin Mini wegfahren will. Im Konsulat war er Zeuge ihrer Auseinandersetzung mit einem Beamten und hat dabei erfahren, dass sie Geld benötigt. Er bietet ihr 20 000 Dollar; dafür soll sie ihn nach Paris fahren. Die in Europa herumvagabundierende deutsche Studentin lehnt zunächst ab, weil sie ahnt, dass jemand, der so viel für eine Reise nach Paris bezahlt, Probleme hat und sie nicht mit hineingezogen werden möchte. Aber wegen des Geldes lässt ihn dann doch einsteigen.

Währenddessen sucht CIA-Abteilungsleiter Conklin (Chris Cooper) mit seinen Mitarbeitern nach Bourne. Sie wissen bereits, dass er den Inhalt des Bankschließfaches bis auf die Pistole an sich genommen hat. Bei der Auswertung der Aufzeichnungen von Überwachungskameras stoßen sie auf ein Bild, das Bourne vor dem Einsteigen in Maries Auto zeigt. Auch das Schweizer Kennzeichen ist deutlich zu erkennen. Sofort werden Fahndungsfotos der beiden an alle Agenten in Europa herausgegeben, und Conklin setzt seinen Apparat darauf an, so viel wie möglich über die junge Frau herauszufinden.

Die Haustür an der im Pass angegeben Adresse in Paris ist verschlossen. Aber die Concierge kommt gelaufen, begrüßt „Monsieur Bourne“ und öffnet ihm die Tür. Er habe seine Schlüssel verloren, entschuldigt er sich. Marie kommt mit ihn die Wohnung. Während er sich dort umsieht, wird er von einem Unbekannten mit einer automatischen Waffe überfallen, der mehrere Kampfsportarten hervorragend beherrscht und am Ende auch noch ein scharfes Messer aus dem Ärmel zieht. Doch Bourne bezwingt ihn und fordert Marie auf, den Rucksack des am Boden liegenden Angreifers auszuschütten. Unter den Sachen sind Interpol-Fahndungshinweise über Bourne und Marie. Der Unbekannte springt plötzlich auf und stürzt sich über den Balkon in die Tiefe. Marie kann nicht fassen, was sie gerade erlebt hat. Bourne reißt sie aus ihrer Erstarrung und läuft mit ihr die Treppe hinunter. In einem Korridor muss sich Marie übergeben. Die Concierge sitzt mit einem Schussloch in der Stirn auf ihrem Stuhl.

Bourne sperrt seinen Beutel in ein Schließfach an der Gard du Nord. Zurück im Auto fordert er Marie auf, sich der Polizei zu stellen, bevor Schlimmeres geschehe. Er weiß nicht, warum er per Haftbefehl gesucht wird und wer es auf sein Leben abgesehen hat, aber er ahnt, dass es sich bei ihm um einen Geheimagenten handelt und Marie durch ihn gefährdet ist. Das Mädchen zögert. Da nähern sich Polizeistreifen dem parkenden Auto. Eine spektakuläre Verfolgungsjagd beginnt, bei der Bourne mit dem Mini über Gehsteige, Treppen und in verkehrter Richtung über Schnellstraßen rast, bis er den letzten Verfolger abgeschüttelt hat. Dann stellt er das Auto in einem Parkhaus ab und flieht mit Marie weiter zu Fuß in ein Hotel.

Unter dem Namen, den er in einem der übrigen Pässe gefunden hat, ist er den Angestellten in einer bestimmten Firma bestens bekannt. Ein Mann dieses Namens soll vor zwei Wochen bei einem Unfall ums Leben gekommen sein. Als Bourne im Leichenschauhaus nachsieht, ist das entsprechende Kühlfach leer. Man habe die Leiche bereits abgeholt, sagt man ihm. Im Besucherbuch findet Bourne den Namen eines ausländischen Staatsmannes, von dem er gerade in der Zeitung gelesen hat, dass er in seinem Hotel von einem Scharfschützen durchs Fenster erschossen wurde.

Marie fährt mit ihm zum umgebauten Bauernhof eines Freundes. Sie ahnen nicht, dass die CIA inzwischen ermittelt hat, wo sich Marie in den letzten sechs Jahren aufgehalten hat. Darunter ist auch die Adresse des Bauernhofs.

Beim Frühstück am anderen Morgen wundert sich die kleine Tochter des Hausbesitzers, dass der Hund nicht da ist. Bourne horcht auf, schickt den Gastgeber mit der Tochter in den Keller, nimmt sich eine Flinte, schießt damit den Tank eines in der Nähe geparkten Autos in Brand und läuft im Schutz des Qualms ins Freie. Er findet den auf ihn angesetzten Scharfschützen (Clive Owen) und erschießt ihn nach einer Verfolgungsjagd.

Obwohl sich Marie und Bourne inzwischen verliebt haben, besteht er darauf, dass sie mit ihrem Freund wegfährt und sich in Sicherheit bringt.

Wenn Sie noch nicht erfahren möchten, wie es weitergeht,
überspringen Sie bitte vorerst den Rest der Inhaltsangabe.

Er wählt eine im Handy des Erschossenen eingespeicherte Telefonnummer – und wird mit Conklin verbunden. Bourne fordert ihn zu einem Treffen auf dem Pont Neuf auf, verlangt aber, dass der CIA-Abteilungsleiter allein kommt. Conklin reist mit einem Privatflugzeug nach Paris und geht auf die Brücke. Vom Dach des Kaufhauses Samaritaine aus beobachtet Bourne, dass es in der Umgebung von getarnten Agenten wimmelt. Deshalb ändert er seinen Plan und bricht in die Wohnung ein, in der das geheime Pariser CIA-Büro untergebracht ist.

Dort erklärt er Conklin, der inzwischen ebenfalls dorthin gekommenen ist, er wolle mit seiner Vergangenheit und der CIA nichts mehr zu tun haben. Plötzlich erinnert er sich fetzenweise daran, dass er den Auftrag hatte, den ausländischen Politiker so umzubringen, dass der Verdacht auf dessen Landsleute fallen würde. Er schlich sich nachts auf seine Jacht und setzte dem Schlafenden die Pistole an den Kopf. Weil unerwarteterweise ein Kind mit in dem Raum war, das ihn aus großen Augen ansah, drückte er nicht ab. Der Politiker erwachte, Bourne floh und stürzte mit zwei Schusswunden im Rücken ins Meer.

Bourne schlägt Conklin nieder. Im Treppenhaus wird er von mehreren CIA-Agenten beschossen. Er schaltet einen nach dem anderen aus und entkommt. Conklin taumelt auf die Straße und wird von einem anderen Agenten aus nächster Nähe erschossen.

Der CIA-Chef berichtet einem parlamentarischen Ausschuss über die Arbeit seines Geheimdienstes. Dabei gibt er Fehler zu, spielt sie aber herunter und erklärt das Projekt, in dessen Rahmen Jason Bourne aktiv war, für beendet.

Marie hat sich inzwischen in Biarritz einen Blumenladen eingerichtet. Eines Tages taucht Bourne dort auf und schließt sie in die Arme.

Inhaltsangabe zum 2. Teil: „Die Bourne Verschwörung“