Brigadegeneral Francis X. Hummel (Ed Harris) raubt mit einer Gruppe Elitesoldaten fünfzehn mit dem Nervengas V. X. bestückte Raketen aus einem US-Waffendepot, nimmt auf der Insel Alcatraz vor San Francisco achtzig Touristen als Geiseln und verschanzt sich mit ihnen und einem Dutzend Offizieren in dem ehemaligen Gefängnisgebäude. Mit der minuziös geplanten und durchgeführten Aktion will der wegen seiner heldenhaften Einsätze im Vietnamkrieg hoch dekorierte General einer seit Jahren vorgebrachten Forderung Nachdruck verleihen: Die US-Regierung soll dreiundachtzig Soldaten, die bei geheim gehaltenen Militäroperationen unter seinem Kommando beispielsweise im Süden Chinas fielen, die verdiente Anerkennung nicht länger vorenthalten und die Hinterbliebenen entschädigen. General Hummel verlangt von der Regierung für jede der betroffenen Familien und jeden in seiner Gruppe eine Million Dollar. Für den Fall, dass die Regierung der Forderung nicht innerhalb von 48 Stunden nachkommt, droht General Hummel, die Raketen mit dem extrem giftigen Gas auf kalifornische Städte abzuschießen und Hunderttausende zu töten.

Das FBI richtet sofort eine mobile Kommandozentrale in San Francisco ein und beordert auch Dr. Stanley Goodspeed (Nicolas Cage), einen FBI-Experten für biologische und chemische Waffen, dorthin. Ausgerechnet zu einem Zeitpunkt, als Goodspeed von seiner Freundin Carla Pestalozzi (Vanessa Marcil) erfährt, dass sie schwanger ist! Weil der davon ausgeht, dass es sich bei dem Einsatz in San Francisco um eine Übung handelt, fordert er Carla auf, ihm nachzukommen und verspricht ihr, sie zu heiraten. – Als er nach der Ankunft in San Francisco begreift, dass die Stadt in höchster Gefahr ist, ruft er Carla an, damit sie zu Hause bleibt, aber da wird sie misstrauisch und will nun erst recht nach San Francisco kommen.

Nur eine Person kennt die Gefängnisinsel Alcatraz so gut, dass es ihr gelingen könnte, unbemerkt ins Innere des festungsartigen Gebäudes zu gelangen: Der ehemalige britische Geheimdienstagent Patrick Mason (Sean Connery), der seit Jahrzehnten ohne gerichtliche Verurteilung in den USA eingesperrt ist, weil er einen Mikrofilm mit hochbrisanten Aufnahmen aus dem Land schmuggeln wollte. FBI-Direktor James Womack (John Spencer) erinnert sich, dass Mason 1963 die Flucht aus dem Gefängnis von Alcatraz gelang.

Als Mason in einer Hotelsuite unter strengster Bewachung die verwilderten Haare geschnitten werden, flieht er und lässt sich trotz einer spektakulären Verfolgungsjagd quer durch San Francisco nicht einholen. Als Mason einer alten Frau ausweicht, gerät er ins Schleudern und kracht gegen einen voll besetzten Cable Car, der dadurch aus den Schienen gehoben wird, sich quer stellt und Funken sprühend den Abhang hinunterrutscht. Goodspeed vermutet, dass Mason sich mit seiner Tochter Jade Angelou (Claire Forlani) verabreden wird und observiert die junge Frau – die ihn prompt zu einem Treffen mit ihrem Vater führt. Als von allen Seiten Streifenwagen heranrasen, bleibt Mason nichts anderes übrig, als sich zu ergeben und eine Spezialeinheit des FBI durch das Tunnellabyrinth von Alcatraz zu führen.

Goodspeed ist ebenfalls dabei, denn er ist der Einzige, der die Giftgasraketen entschärfen kann. Vor dem Abflug im Hubschrauber kann er nur noch dafür sorgen, dass Carla in San Francisco vom FBI betreut wird.

An kritischen Stellen auf Alcatraz ausgelegte Bewegungsmelder alarmieren General Hummel und seine Eliteoffiziere. Er versucht, die Eindringlinge zu überreden, dass sie sich ergeben, aber gegen seinen Willen kommt es zu einer wilden Schießerei, die auf der Seite des FBI nur Mason und Goodspeed überleben.

Goodspeed steht mit dem FBI in Funkkontakt. Nach dem augenscheinlichen Fehlschlag des Kommandounternehmens raten einige im Krisenstab dazu, eine noch nicht erprobte neue Waffe einzusetzen: Thermite Plasma. Bei der Hitze, die diese Bomben entwickeln, wird sogar das hochgiftige Nervengas V. X. zerstört und unschädlich gemacht. Der Präsident der Vereinigten Staaten von Amerika ordnet den Einsatz der neuen Bomben an, obwohl ihm bekannt ist, dass dabei die gesamte Insel mitsamt den Menschen verdampft wird.

Wenn Sie noch nicht erfahren möchten, wie es weitergeht,
überspringen Sie bitte vorerst den Rest der Inhaltsangabe.

Wider Erwarten gelingt es Goodspeed mit Hilfe Masons, bei dreizehn der fünfzehn Raketen die elektronischen Zünder auszubauen und sie zu zerstören. Als das Ultimatum abläuft, wird General Hummel von seinen Offizieren gedrängt, die verbliebenen Raketen abzuschießen. Er hatte geglaubt, mit seiner Aktion die Regierung erpressen zu können und niemals damit gerechnet, seine Drohung wahr machen zu müssen. Er wollte Gerechtigkeit durchsetzen, aber keine Menschen töten. Zögernd gibt er den Feuerbefehl für die vorletzte Rakete, aber während sie im Anflug auf Oakland ist, lenkt er sie ins Meer.

Nachdem General Hummel und fast alle seine Offiziere bei Schießereien mit Mason und Goodspeed ums Leben gekommen sind, nimmt Goodspeed die Giftgaskugeln aus der letzten Rakete, bevor er sie abschießt und damit den letzten Gegner tötet.

In diesem Augenblick ist das Geschwader, das die Thermite-Plasma-Bomben abwerfen soll, nur noch wenige Minuten von Alcatraz entfernt. Einer der Piloten hat seine Bombe bereits ausgeklinkt, als der Abwurfbefehl von der FBI-Kommandozentrale widerrufen wird. Zum Glück explodiert die Bombe am Rand der Insel und verletzt weder eine der Geiseln, noch Mason oder Goodspeed.

Als James Womack und die anderen Männer von der Einsatzleitung auf Alcatraz eintreffen und Mason entgegen ihrer Zusage wieder festnehmen wollen, ist dieser bereits verschwunden, und Goodspeed behauptet, der Brite sei verdampft.

Zum Abschied hatte Mason Goodspeed für die bevorstehende Hochzeit eine bestimmte Kirche empfohlen. Dort findet Goodspeed in einer Kirchenbank den Mikrofilm, hinter dem die US-Regierung seit Jahrzehnten her ist. Während der Weiterfahrt schaut er den Filmstreifen an und fragt Carla, die am Steuer sitzt, ob sie wissen möchte, wer John F. Kennedy wirklich ermordete.