John Webber (eigentlich: Johann Wäber) wurde am 6. Oktober 1751 in London als eines von acht Kindern des 1740 nach London ausgewanderten Berner Bildhauers Abraham Wäber geboren. Über seine Mutter wissen wir nur, dass es sich um eine Engländerin mit dem Mädchennamen Mary Quandt handelte.

Im Alter von sechs Jahren wurde John Webber zu Rosina Wäber nach Bern geschickt, einer unverheirateten Schwester seines Vaters, die ihrem verwitweten Schwager, dem Kunsttischler Matthäus Funk (1697 – 1783), den Haushalt führte. In Bern begann er 1767 eine Lehre bei dem Landschaftsmaler Johann Ludwig Aberli (1723 – 1788). Mit einem Stipendium der „Burgerlichen Gesellschaft zu Kaufleuten“ studierte John Webber von 1770 bis 1775 bei Jean-Georges Wille (1715 – 1808) an der Académie Royale in Paris. Dann kehrte er nach London

zurück, wo er sich an der Royal Academy einschrieb und als Dekorationsmaler seinen Lebensunterhalt verdiente.

Der schwedische Botaniker Daniel Carl Solander (1733 – 1782), der Captain James Cook (1728 – 1779) auf dessen erster Weltumsegelung begleitet hatte, überredete John Webber, als Expeditionsmaler an der von Juli 1776 bis Oktober 1780 dauernden dritten Südsee-Expedition von James Cook teilzunehmen. (Da es die Fotografie noch nicht gab, dokumentierten Maler einzelne Szenen solcher Reisen.) Eine Auswahl seiner Bilder wurde in Form von Kupferstichen kopiert und 1784 in einem Folianten publiziert. Drei Jahre später veröffenlichte John Webber die ersten von insgesamt sechzehn „Views in the South Sea“.

John Webber starb am 29. April 1793 in London an Nierenversagen.

Aus der (fiktiven) Perspektive des Expeditionsmalers John Webber schrieb Lukas Hartmann den historischen Roman „Bis ans Ende der Meere“.