Hubertus Czernin wurde am 17. Januar 1956 in Wien geboren, und zwar als jüngster der fünf Söhne von Felix Czernin (1902 – 1968) und dessen zweiter Ehefrau Franziska (geb. Mayer-Gunthof; 1926 – 1987). Sein 22 Jahre älterer Halbbruder Paul Cernin stammte aus der ersten, 1950 geschiedenen Ehe seines Vaters mit der italienischen Aristrokratin Anna Leopoldina, einer geborenen Contessa Ceschi a Santa Croce,

die mütterlicherseits mit dem Fürstenhaus Ysenburg und Büdingen verwandt war.

Nachdem Hubertus Czernin Geschichte, Kunstgeschichte und Politikwissenschaften studiert hatte, begann er 1979 als Journalist zu arbeiten.
Beim österreichischen Nachrichtenmagazin profil war er 1986 maßgeblich an der Aufdeckung der Tatsache beteiligt, dass der Bundespräsident Kurt Waldheim über seine Tätigkeit in den Jahren 1942 bis 1944 – als Offizier der Wehrmacht war er möglicherweise an Kriegsverbrechen beteiligt gewesen – falsche Angaben gemacht hatte (Waldheim-Affäre).

1998/99 war Hubertus Czernin geschäftsführender Gesellschafter des Fritz Molden Verlags. 1999 gründete er den Czernin Verlag.

Er beschäftigte sich intensiv mit dem Kunstraub der Nationalsozialisten nach dem „Anschluss“ Österreichs im März 1938. Ihm hatte Maria Altmann wertvolle Hinweise zu verdanken, die dazu führten, dass sie 2006 fünf Klimt-Gemälde zurückerhielt, die ihrer Familie gehört hatten und bis dahin in der Galerie Belvedere in Wien hingen.

Von 1979 bis 1981 war Hubertus Czernin mit Christina Szapáry (* 1958) verheiratet gewesen. 1984 hatte er sich mit Valerie Baratta-Dragono (* 1961) vermählt.

Hubertus Czernin starb am 10. Juni 2006, eine Woche vor seinem 50. Geburtstag, an einer Mastozytose.

In dem Film „Woman in Gold“ / „Die Frau in Gold“ wird Hubertus Czernin von Daniel Brühl verkörpert. Seine tatsächliche Bedeutung im Fall der Restitution der Klimt-Gemälde wird im Film allerdings heruntergespielt.