Manhatten in den Vierzigerjahren. Während George (Jonathan Lipnicki) in der Schule ist, sprechen seine Eltern Frederick und Eleonor Little (Geena Davis, Hugh Laurie) im Waisenhaus vor, um einen Bruder für ihn zu adoptieren. Ihre Wahl fällt auf den klugen, selbstbewussten Stuart – eine Maus.

Von einem Bruder, mit dem er nicht Fußball spielen und Rad fahren kann, ist George nicht begeistert. Erst als Stuart Little durch seinen unerschrockenen Einsatz George in einer Modellschiff-Regatta zum Sieg verhilft, freundet dieser sich mit seinem Adoptivbruder an.

Aber da scheint das Familienidyll auch schon wieder zu Ende zu sein, denn ein Mäusepaar taucht auf: Stuarts Eltern, die ihren Sohn wieder haben möchten. Schweren Herzens nehmen Stuart und die Littles voneinander Abschied.

Nur der Hauskater Snowbell ist nicht traurig. Tatsächlich hat er einige Straßenkater zu Hilfe gerufen gegen die ihm aufgezwungene, ehrenrührige Hausgemeinschaft mit einer Maus, und die haben das auf dem Minigolfplatz hausende Mäusepaar dazu gezwungen, sich als Stuarts Eltern auszugeben. Als die Katzen Stuart jedoch töten wollen, verspürt das Mäusepaar Mitleid mit ihm und klärt ihn im letzten Augenblick über die Intrige auf. In dem Spielzeugauto, das George ihm zum Abschied schenkte, macht Stuart sich auf den Weg zu den Littles. Im Central Park lauern ihm die Katzen auf. Nur durch seine Klugheit und Unerschrockenheit gelingt es der Maus, den Anschlag zu überleben. Snowbell ist davon so beeindruckt, dass er Stuart von nun an als Familienmitglied akzeptiert und mit ihm zu den Littles zurückkehrt.