In Madrid löste die erzwungene Ablösung der Bourbonen durch Napoleons Bruder Joseph Bonaparte einen Aufstand aus. Napoleon zog 1808 mit einer 300 000 Mann starken Armee über die Pyrenäen, konnte jedoch nicht verhindern, dass die Spanier einen jahrelangen Guerillakrieg zu führen begannen. Unterstützt wurden sie dabei von den Briten, die unter dem Kommando Arthur W. Wellingtons von Lissabon aus operierten.

Als Napoleon auf der Iberischen Halbinsel kämpfte, glaubte die Wiener Regierung, der rechte Zeitpunkt sei gekommen, um die französische Fremdherrschaft abzuschütteln.

Am 9. April 1809 marschierten österreichische Truppen in das 1806 von Napoleon zum Königreich erhobene Nachbarland Bayern ein. Preußen und Russland warteten vorsichtig ab. Napoleon eilte vom spanischen Kriegsschauplatz nach Paris, stampfte ein weiteres Heer aus dem Boden und drängte die Österreicher damit zurück. Erzherzog Karl schlug am 22. Mai 1809 Napoleon bei Aspern und Essling, unterlag ihm jedoch am 5. / 6. Juli in der Schlacht bei Wagram.

Im Frühjahr 1809 griffen der preußische Husarenmajor Ferdinand Baptista von Schill (1776 – 1809) und der „Schwarze Herzog“ Friedrich Wilhelm von Braunschweig (1771 – 1815) mit ihren Freikorps die Franzosen an. Aber es gelang ihnen nicht, die preußische Armee mitzureißen und einen allgemeinen Aufstand gegen die Napoleonische Fremdherrschaft auszulösen. Am 25. Mai nahm Schill die französisch besetzte Stadt Stralsund ein. Im Straßenkampf gegen mehrfach überlegene dänische und holländische Einheiten fiel er sechs Tage später. Elf seiner Offiziere wurden standrechtlich erschossen, 540 seiner Soldaten auf französische Galeeren gebracht.