Nanking, 27. November 1937. Der Hamburger Geschäftsmann John Rabe (Ulrich Tukur) lebt seit gut siebenundzwanzig Jahren mit seiner Ehefrau Dora (Dagmar Manzel) in der chinesischen Hauptstadt Nanking und leitet dort die Siemens-Niederlassung. Am 3. Dezember soll er nach Berlin zurückkehren und in der Firmenhierarchie aufsteigen. Sein Nachfolger Werner Fließ (Mathias Herrmann) trifft am 1. Dezember ein und überrascht John Rabe mit der Nachricht, dass es seine Aufgabe sein wird, die Siemens-Niederlassung in Nanking aufzulösen. Rabe ist entsetzt: Alles von ihm und seinem Stellvertreter Hsianglin Han (Fang Yu) Aufgebaute soll abgewickelt werden! Er telefoniert mit der Siemens-Zentrale in Berlin, kann die Entscheidung jedoch nicht rückgängig machen.

Der fanatische Nationalsozialist Werner Fließ entrüstet sich über die Laschheit der von Christian Kröger (Christoph Hagen Dittmann) geführten Ortsgruppe der NSDAP. Angewidert weist er die von Hans Scheel (Hans Joachim Heist) angebotene Zimtschnecke zurück.

Am 2. Dezember kommt Valérie Dupres (Anne Consigny), die Leiterin des Ginling Girls College in Nanking, mit einer Abordnung Schülerinnen aufs Firmengelände, um John Rabe mit einem Lied zu verabschieden.

Die japanischen Truppen, die seit Juli wieder Krieg gegen China führen, sind nur noch siebzig Kilometer von Nanking entfernt.

Während des Abschiedsballs verleiht der japanische Botschafter Fukuda Tokuyasu (Togo Igawa) John Rabe einen Orden. Das bringt Dr. Robert Wilson (Steve Buscemi), den amerikanischen Chefarzt eines Krankenhauses in Nanking, vollends gegen den Deutschen auf, von dem er weiß, dass es sich um ein Mitglied der NSDAP und einen überzeugten Anhänger Hitlers handelt. Während John Rabe seine Dankesrede hält, beginnen die Japaner mit der Bombardierung von Nanking. Die Feier wird abgebrochen.

Dora und John Rabe lassen sich von ihrem Chauffeur Chang (Ming Li) zu ihrer Wohnung auf dem Werksgelände bringen. Vor dem Tor haben sich zahlreiche chinesische Siemens-Arbeiter mit ihren Familienangehörigen versammelt. Panisch vor Angst begehren sie Einlass und strömen auf das Werksgelände, als John Rabe das Tor gegen den Willen seines Nachfolgers öffnen lässt. Er ordnet an, die Flutlichtanlage einzuschalten und fordert die Schutzsuchenden auf, eine riesige Hakenkreuzfahne auszuspannen und sich darunter zu stellen. Die japanischen Militärflieger stellen daraufhin den Beschuss und die Bombardierung ein, denn Japan und das Deutsche Reich sind im Antikomintern-Pakt verbündet.

Langshu (Jingchu Zhang), eine Schülerin des Girls College, rettet ihren kleinen Bruder aus dem zerbombten Elternhaus. Der verwitwete, gewalttätige Vater, der seine Kinder vernachlässigt, bleibt wieder einmal über Nacht fort.

Die Japaner nehmen das Jangtsekiang-Delta ein und riegeln Nanking ab. Dora und John Rabe sitzen fest.

Wegen der Belagerung Nankings gehen im Krankenhaus Medikamente aus. Dadurch sterben viele Patienten. Und weil es auch keine Betäubungsmittel mehr gibt, muss ohne Narkose operiert werden.

Am 4. Dezember trifft der junge jüdisch-deutsche Legationssekretär Dr. Georg Rosen (Daniel Brühl) aus Shanghai ein. Weil er von den Nationalsozialisten in Nanking angefeindet wird, nimmt ihn der deutsche Botschafter Dr. Oskar Trautmann (Gottfried John) als persönlichen Gast auf.

Auf einer Versammlung der Deutschen in Nanking berichtet Georg Rosen von einer Sicherheitszone in Shanghai. Valérie Dupres greift die Idee begeistert auf und schlägt John Rabe als Vorsitzenden des „Internationalen Komitees für die Sicherheit von Nanking“ vor. Widerstrebend lässt der Siemens-Manager sich in diese Rolle drängen. Als seinen Stellvertreter nominiert er Dr. Wilson.

Am nächsten Tag wollen die Japaner einem letzten Schiff erlauben, Nanking zu verlassen. Oskar Trautmann und alle anderen Diplomaten werden an Bord gehen. Auch Dora und John Rabe lassen sich in die Passagierliste eintragen. Georg Rosen bleibt das wegen seiner jüdischen Herkunft verwehrt.

Währenddessen befiehlt Prinz Asaka Yasuhiko (Teruyuki Kagawa), ein Onkel des japanischen Kaisers, die chinesischen Kriegsgefangenen mit automatischen Waffen zu erschießen. Mit diesem barbarischen Verstoß gegen das Völkerrecht beginnt das Massaker von Nanking.

Am 5. Dezember kämpft John Rabe sich mit seiner Frau durch die Menschenmassen im Hafen zum Schiff durch. Aber er tut nur so, als wolle er mit an Bord gehen, damit Dora sich in Sicherheit bringt. Im letzten Augenblick verabschiedet er sich von ihr und bleibt am Kai zurück. Von dort muss er zusehen, wie das Schiff nach dem Auslaufen von japanischen Flugzeugen angegriffen wird und in Brand gerät.

Die inzwischen vom japanischen Botschafter Fukuda Tokuyasu gebilligte Sicherheitszone in Nanking wird am 11. Dezember eingerichtet. John Rabe, Robert Wilson, Georg Rosen und Valérie Dupres müssen für hunderttausend Menschen Reis und andere Nahrungsmittel besorgen. Das ist nicht nur eine logistische Herausforderung, sondern auch eine finanzielle, zumal die Japaner Einfuhrzölle erheben.

Als die Japaner merken, dass ein verwundeter Soldat im zur Schutzzone gehörenden Krankenhaus operiert wird, obwohl Militärs und Waffen auf dem Gebiet nicht erlaubt sind, erschießen sie nicht nur den Patienten, sondern auch zwei Ärzte und drei Krankenschwestern.

Am 15. Dezember fragt ein japanischer Offizier im Girls College, ob er für ein paar Stunden zehn Mädchen haben könne. Entrüstet weist Valérie Dupres das Ansinnen zurück. Als Antwort darauf erschießen die Japaner im Hof des Gymnasiums 153 Kriegsgefangene. Die Schülerin Langshu fotografiert die Leichen, um das Massaker zu dokumentieren.

John Rabe, der den Nationalsozialismus nur aus der Ferne kennt und nach wie vor an den „Führer“ glaubt, schreibt am 19. Dezember an Hitler und bittet ihn, die japanischen Bündnispartner zur Räson zu bringen. Außerdem ersucht er mit Georg Rosen und Valérie Dupres zusammen um eine Unterredung mit Fukuda Tokuyasu. Sie werden allerdings nicht vorgelassen. Daraufhin schaltet John Rabe der japanischen Botschaft den Strom ab. Auf diese Weise setzt er sich durch und bekommt einen Termin bei Prinz Asaka Yasuhiko in der Botschaft. Die Japaner behaupten, der Luftangriff auf das Schiff sei ein tragischer Irrtum gewesen. Der Prinz versichert, dass die Organisatoren der Sicherheitszone sich frei bewegen dürfen und keine Einfuhrzölle für die Versorgung zu bezahlen brauchen. Als John Rabe die Massaker anspricht, warnt ihn der Japaner davor, sich von der chinesischen Propaganda missbrauchen zu lassen.

Als Rabe nach der Unterredung zu seinem auf dem Botschaftsgelände geparkten Wagen kommt, ist sein chinesischer Chauffeur nicht mehr da. Chang habe einen Streit angefangen und sei deshalb in ein Kriegsgefangenenlager gebracht worden, heißt es. Vergeblich versucht John Rabe, ihn von dort freizukriegen. Durch einen Spalt im Zaun sieht er, wie Chang enthauptet wird. Als er endlich zum Lagerkommandanten gebracht wird, überlässt dieser ihm zwanzig Chinesen als „Ersatz“.

Zwei Schülerinnen werden vom Hunger zu den japanischen Soldaten getrieben. Die Männer fallen sofort über sie her. Valérie Dupres ordnet daraufhin an, dass allen Mädchen das Haar kurz geschnitten wird, damit sie weniger weiblich aussehen.

Inzwischen haben zweihunderttausend Menschen in der Sicherheitszone Schutz gesucht.

John Rabe ist entsetzt, als Valérie Dupres ihm das Geheimnis anvertraut, dass sie auf dem Dachboden der Schule chinesische Soldaten versteckt. Falls die Japaner davon erfahren, ist damit zu rechnen, dass sie die Sicherheitszone auflösen.

Am 21. Dezember verlässt Langshu nach Einbruch der Dunkelheit heimlich die Schule. Wie in jeder Nacht bringt sie ihrem kleinen, mit dem Vater in der Ruine des zerbombten Hauses lebenden Bruder etwas zu essen. Diesmal wird sie von zwei japanischen Soldaten dabei ertappt. Sie erschießen den Vater, und während einer der beiden Männer das Mädchen festhält, will der andere Langshu vergewaltigen. Aber ihr kleiner Bruder nimmt eine achtlos weggelegte Pistole und erschießt die beiden. Trotz des Risikos besteht Langshu darauf, den toten Vater zu begraben. Um nicht als junge Frau erkannt zu werden, zieht sie die Uniform eines der beiden erschossenen Soldaten an.

Bei der Rückkehr fällt sie auf. Die Japaner verfolgen sie in der Annahme, es handele sich um einen Deserteur. Sie trennt sich von ihrem kleinen Bruder und rennt ins Schulhaus. Während Langshu sich im Schlafraum umzieht, versichert Valérie Dupres den Japanern, dass keine Männer außer ihnen im Gebäude seien. Sie durchsuchen die Räume trotzdem. Wegen der kurzen Haare sind die Mädchen nur schwer von jungen Männern zu unterscheiden. Der japanische Truppführer besteht deshalb darauf, dass die Schülerinnen ihre Nachthemden ausziehen und die Hände auf den Rücken legen.

Um Lebensmittel für die Menschen in der Sicherheitszone kaufen zu können, lässt John Rabe sich seine Pensionsansprüche auszahlen und spendet fast 50 000 Dollar anonym.

Weil Rabe zuckerkrank ist und ihm das Insulin ausgegangen ist, bricht er am 23. Dezember zusammen. Wilson und Rosen gelingt es glücklicherweise, von den Japanern einige wenige Ampullen Insulin zu bekommen.

Am Heiligen Abend erhält John Rabe ein Paket ohne Absender mit einem Gugelhupf. Das ist sein Lieblingskuchen. Davon weiß jedoch nur seine Frau. Mit dem Weihnachtsgeschenk lässt Dora ihn wissen, dass sie den Luftangriff auf das Schiff überlebt hat.

Hitler antwortete zwar nicht auf John Rabes Brief über die japanischen Massaker, aber zu der Beschwerde von Werner Fließ, dass die Hakenkreuzfahne in Nanking von Chinesen und Juden missbraucht werde, nimmt er Stellung: Der „Führer“ stimmt Fließ zu, dass dieser Frevel zu unterbinden sei.

Inzwischen haben die Japaner herausgefunden, dass im Girls College chinesische Soldaten versteckt sind. Prinz Asaka Yasuhiko beabsichtigt, diesen Verstoß gegen die Abmachungen als Vorwand zu benutzen, um die Sicherheitszone zu besetzen.

Am 25. Dezember rücken die Japaner mit Panzern an. Der Prinz will auf die Menschen in der Sicherheitszone schießen lassen, aber John Rabe stellt sich ihm in den Weg. Bevor ein Schuss fällt, kündigen Sirenen die Ankunft eines Schiffes an, mit dem die Diplomaten nach Nanking zurückkehren. Das hält die Japaner von einem weiteren Massaker ab, denn sie befürchten, dass die Ausländer die Nachricht auf der ganzen Welt verbreiten würden.

Vier Tage später muss John Rabe Nanking verlassen. Das „Internationale Komitee für die Sicherheit von Nanking“ wird aufgelöst. Vor den ausländischen Diplomaten und Pressevertretern gibt Prinz Asaka Yasuhiko die Sicherheitszone als eigene Idee zum Schutz der Zivilbevölkerung aus und ernennt Werner Fließ zum neuen Leiter.

Zwei japanische Soldaten eskortieren John Rabe zum Hafen. Dort wird er von der Bevölkerung bejubelt. Und Dora kommt gelaufen. Sie ist mit dem Schiff zurückgekommen, um ihn abzuholen.