Peter Aufschnaiter wurde am 2. November 1899 in Kitzbühel als Tischlersohn geboren. Während er noch das Realgymnasium besuchte, wurde er 1917 zum Kriegsdienst eingezogen. Nach dem Ersten Weltkrieg holte er das Abitur nach und studierte in München Agrarwissenschaften.

1929, zwei Jahre nach dem Diplom, beteiligte sich der leidenschaftliche Bergsteiger an einer deutschen Expedition zum 8586 Meter hohen Kangchendzönga in Sikkim, der jedoch erst 26 Jahre später von George Band und Joe Brown erstmals bezwungen werden sollte (25. Mai 1955). 1933 ließ Peter Aufschnaiter sich in die NSDAP aufnehmen, und als Paul Bauer 1936 die von den Nationalsozialisten als Propagandainstrument benutzte Deutsche Himalaja-Stiftung gründete, übernahm er die Geschäftsführung und übte dieses Amt dann drei Jahre lang aus.

1939 leitete Peter Aufschnaiter eine Erkundungsexpedition der Deutschen Himalaya-Stiftung zum Nanga Parbat (8125 Meter) und Rakaposhi (7788 Meter). Die beiden Berge gehörten damals zu Britisch-Indien. Die Teilnehmer – unter ihnen Heinrich Harrer (1912 – 2006) – wurden vom Beginn des Zweiten Weltkriegs überrascht. Während sie in Karatschi auf das Schiff für die Rückreise warteten, wurden sie festgenommen und ab 3. September 1939 im britischen Internierungslager in Ahmadnagar bei Bombay interniert.

Peter Aufschnaiter, Heinrich Harrer und einigen weiteren Gefangenen gelang am 29. April 1944 der Ausbruch aus dem Internierungslager Dehradun, 250 Kilometer nördlich von Neu-Delhi. Auf dem 5300 Meter hohen Tsangtschokla-Pass überquerten vier von ihnen am 17. Mai 1944 die Grenze, und am 15. Januar 1946 erreichten Peter Aufschnaiter und Henrich Harrer die tibetische Hauptstadt Lhasa. Sie hatten 2100 Kilometer Fußmarsch hinter sich.

Die Tibeter duldeten eigentlich keine Fremden in ihrem Land, aber Peter Aufschnaiter beeindruckte sie mit seinen Sprachkenntnissen – er konnte u. a. Tibetisch – und weil sie gerade dabei waren, in Lhasa Abwasserkanäle anzulegen,

konnten sie von seinem Wissen profitieren. Als Angestellter der tibetischen Regierung legte er eine Kanalisation an und baute ein Wasserkraftwerk. Außerdem initiierte er Flussregelungen und leitete eine Aufforstung ein. Unter Mitwirkung Heinrich Harrers, der als Privatlehrer des jungen Dalai Lama angestellt wurde, zeichnete Peter Aufschnaiter Landkarten, darunter einen Stadtplan von Lhasa. Und über seine archäologische Entdeckungen berichtete er dem italienischen Orientalisten Giuseppe Tucci (1894 – 1984). Seine Verbesserungen der Infrastruktur Tibets ließen Peter Aufschnaiter zum ersten Entwicklungshelfer in diesem Land werden.

Als die Volksrepublik China das seit 1911 faktisch unabhängige Tibet im Oktober 1950 zu besetzen begann, flohen Peter Aufschnaiter und Heinrich Harrer am 20. Dezember 1950 mit dem Dalai Lama ins Tschumbi-Tal. Während Heinrich Harrer sich über die nahe Grenze nach Indien absetzte, hatte Peter Aufschnaiter sich noch vor der Ankunft der Flüchtlinge im Tschumbi-Tal von ihnen getrennt, denn er wollte trotz allem in Tibet bleiben. Erst im Januar 1952 wich er nach Nepal aus.

Einige Jahre arbeitete Peter Aufschnaiter in Neu-Delhi als Kartograf für die indische Armee. 1956 begann er bei der FAO – der Landwirtschaftsorganisation der Vereinten Nationen – als Agrarexperte in Kathmandu tätig zu werden. Weil er die nepalesische Staatsbürgerschaft erhielt, konnte er sogar für Ausländer gesperrte Gebiete wie das buddhistische Königreich Mustang erkunden.

1971 hielt er sich noch einmal zwei Wochen lang in Westtibet auf.

Im Herbst 1973 erkrankte Peter Aufschnaiter und wurde nach Europa geflogen. Er starb am 12. Oktober 1973 in der Universitätsklinik Innsbruck. Begraben wurde er auf dem Friedhof bei der Andreaskirche in Kitzbühel.

Das geplante Buchprojekt über seine Erlebnisse hatte Peter Aufschnaiter nicht mehr realisieren können. Paul Bauer, bei dem er während seiner Besuche in Europa gewohnt hatte, vertraute das unfertige Manuskript der Schweizer Tibetologin Blanche Christine Olschak an, die es an ihren Kollegen Martin Brauen weiterreichte. Der Ethnologe bearbeitete es und gab es unter dem Titel „Peter Aufschnaiter. Sein Leben in Tibet“ heraus (Steiger-Verlag, Innsbruck 1983, 207 Seiten, ISBN 3-85423-016-8).

Ein Großteil des schriftlichen Nachlasses von Peter Aufschnaiter wird vom Völkerkundemuseum der Universität Zürich aufbewahrt. Daraus geht hervor, dass Heinrich Harrer die gemeinsamen Erlebnisse auf der Flucht und in Tibet in seinem von Jean-Jacques Annaud verfilmten Buch „Sieben Jahre in Tibet. Mein Leben am Hofe des Dalai Lama“ recht einseitig dargestellt hatte (Ullstein Verlag, Berlin / Wien 1952).